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公司注销时，税务局主要会查以下方面：

1. 税务申报情况：

- 各税种申报的完整性：检查企业是否按照规定的时间、频率和要求申报了增值税、企业所得税、个人所得税、印花税、附加税等所有应申报的税种。比如，查看企业所得税的季度申报和年度汇算清缴是否按时完成，增值税的月报或季报是否准确申报等。

- 纳税申报数据的准确性：核对申报数据与企业的实际经营情况是否相符，包括收入、成本、费用等项目的申报是否准确。例如，发票金额与申报收入是否一致，成本列支是否符合税法规定等。

2. 发票管理情况：

- 发票的领购、使用和核销：审查企业发票的领购手续是否齐全，发票的使用是否符合规定的范围和标准，发票的核销是否及时、正确。比如，检查是否存在超范围开具发票、虚开发票等违规行为。

- 增值税专用发票的管理：对于增值税专用发票，会重点检查其抵扣联的真实性和合法性，确认进项税额的抵扣是否符合规定。同时，查看企业是否按照规定保管发票，发票的存放、保管是否符合安全要求。

3. 税款缴纳情况：

- 税款的缴纳是否及时、足额：核实企业是否按照申报的税额按时缴纳了各项税款，是否存在欠税、滞纳金等未缴清的情况。例如，查看企业的缴税记录，确认税款是否按时入库。

- 税收优惠政策的适用是否正确：检查企业享受的税收优惠政策是否符合条件，是否存在违规享受优惠的情况。如企业申请的高新技术企业税收优惠，税务局会审查企业是否符合高新技术企业的认定标准。

4. 财务报表和账簿：

- 财务报表的真实性和完整性：分析企业的资产负债表、利润表、现金流量表等财务报表，查看其数据是否真实反映了企业的财务状况和经营成果。检查报表之间的勾稽关系是否正确，是否存在异常的财务数据。

- 账簿的登记和核算：审查企业的总账、明细账、日记账等账簿的登记是否规范、准确，会计核算是否符合会计准则和税法的要求。例如，查看账簿的记账凭证、原始凭证是否齐全，账务处理是否正确。

5. 关联交易情况：如果企业存在关联交易，税务局会审查关联交易的定价是否合理，是否存在通过关联交易转移利润、逃避纳税的行为。

6. 其他方面：

- 印花税缴纳情况：印花税是一个容易被忽视的小税种，但在企业注销时会被重点检查。税务局会审核企业成立以来的重大合同、实收资本、资本公积、营业账簿等是否按规定缴纳了印花税。

- 个人所得税问题：检查企业是否存在股东或员工个人所得税未代扣代缴或申报不实的情况。比如，股东从公司借款长期未归还且未用于企业生产经营的，可能会被视为分红，需要缴纳个人所得税。

关于税务局的检查时间，一般是查近三年的账务，但如果清算过程中发现一些问题，可能会全面进行清查。不过不同地区的税务局在具体操作上可能会有所差异，有些地区可能会根据企业的实际情况或风险程度来确定检查的范围和时间。

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